A fundação de Ilhota data do ano de 1845, quando os belgas, Major Carlos van Lede e os irmãos Lebon, instalaram 90 patrícios seus em terras compradas em 1842 do Coronel José Henrique Flôres, às margens do Rio Itajaí. Naquele ano chegaram à colônia Lebon, 24 famílias belgas, das quais existem ainda hoje, descendentes como Castellain, Maes, Maba, De Gang, Blocveld, Filipps, Hostin, etc. No ano seguinte chegaram mais 12 famílias francesas. Encontrando dificuldades no desenvolvimento da colônia, van Lede retornou à Bélgica, com a promessa de regressar breve. Doente, internou-se no Hospital de Bureges, onde veio a falecer. Antes, porem, doôu àquela instituição a colônia de Ilhota. O Hospital enviou um procurador a Ilhota, com o intuito de vender a colônia, o que foi veementemente rechaçado pelos colonos. Por isso tudo, a colônia belga teve pouca duração, vindo a confundir-se com os moradores do lugar.

Com a fundação de freguesia de São Pedro Apóstolo de Gaspar, Ilhota e Baú estavam incluídos nos seus limites. Posteriormente, com a criação das comunas, Ilhota retornou à administração de Itajaí.

Espiritualmente o povo de Ilhota era atendido pelos padres de Itajaí ou de Gaspar.

Em 1895, Frei Gabriel Koerner OFM e Frei Solano Schmitt OFM, Professores do Colégio Santo Antônio, de Blumenau, começaram a atender os colonos de Ilhota, de dois em dois meses.

Em 1869 foi construída por ex-escravos, uma Capela de madeira, na localidade conhecida como Baú Central. Mais tarde, reconstruída em alvenaria, foi dedicada a Nossa Senhora do Rosário.

Em 1901 o povo de Ilhota levantou outra Capela, na sede, que por ter sido mal edificada ruiu em pouco tempo. Frei Modesto Oechtering OFM ergueu, no mesmo local, uma outra, de forma octogonal, que veio a ser inaugurada em 1912.

Em 1927, com a criação da Diocese de Joinville, Ilhota continuou pertencendo à Arquidiocese de Florianópolis, por pertencer ao Município de Itajaí. Contudo, a pedido do então Arcebispo Metropolitano, o atendimento espiritual da comunidade continuou sendo feito pelos Padres Franciscanos de Gaspar, canonicamente pertencente à recém criada Diocese de Joinville.

A terceira Capela de Ilhota, a atual Igreja Matriz, foi construída graças à iniciativa de Frei Elmar Posch OFM, tendo sido concluída em 1941.